기업부설연구소를 세우려는 담당자가 처음 확인할 것은 연구전담요원을 몇 명 두어야 하느냐입니다. 시행령 기준으로 소기업이 설립한 연구기관은 3명 이상이고, 창업일부터 3년까지는 2명 이상입니다.
기업 규모와 관계없이 1명 이상이면 되는 연구개발전담부서도 있습니다.
근거 법령도 바뀌었습니다. 2026년 2월 1일부터는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이 아니라 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」(약칭 기업부설연구소법)과 같은 날 시행된 시행령·시행규칙이 인정 기준을 정합니다.
이 글은 국가법령정보센터의 세 법령 본문과 한국산업기술진흥협회 연구소·전담부서 신고관리시스템(rnd.or.kr)의 공개 안내를 기준으로 썼습니다.
기업부설연구소, 2026년 2월 1일부터 「기업부설연구소법」에 따라 인정
기업부설연구소법은 「기업부설연구소」를 기업이 연구개발을 수행하기 위하여 설립·운영하는 부설 연구기관으로서 법 제7조에 따른 인정을 받은 연구기관으로 정의합니다. 「연구개발전담부서」는 기업에서 연구개발을 전담하여 수행하는 부서로서 같은 조에 따른 인정을 받은 연구개발부서입니다.
같은 법 부칙은 종전 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2부터 제14조의6까지를 삭제했습니다. 이 법 시행 당시 종전 법률에 따라 인정된 기업부설연구소등은 새 법에 따라 인정받은 것으로 본다는 경과조치(부칙 제4조)도 있습니다.
법 조문은 「인정을 신청」한다고 적고, 협회 시스템 화면은 같은 절차를 「설립신고」라고 부릅니다. 협회 개요 화면에는 「先설립·後신고 체계」라는 설명이 있습니다.
인정요건을 갖춘 상태에서 서류를 작성해 협회에 신고하라는 뜻입니다.
기업부설연구소와 연구개발전담부서, 설립 요건의 차이는 연구전담요원 수와 연구소장
협회 자주 묻는 질문(일반기준)은 두 조직의 차이를 이렇게 설명합니다. 연구전담요원, 연구실, 연구기자재를 갖추어 신청하는 것은 같고, 전담부서는 전담요원의 수가 1인 이상으로만 하는 데에서 차이가 있다는 것입니다.
같은 답변은 혜택에도 일부 지방세(취득세, 재산세 등)와 병역특례 제도에서는 차이가 있다고 안내합니다.
연구소장도 다릅니다. 같은 답변은 「연구소에는 연구소장이 반드시 있어야 합니다.
전담부서는 연구소장이 없습니다.」라고 적습니다. 선임연구원 중 한 명이 연구소장이면 연구전담요원 숫자에 포함되고, 연구원이 아닌 회사 임원(대표, 이사 등)이 연구소장이면 포함되지 않습니다.
전담부서로 인정받은 뒤 연구소로 바꾸려면 협회 안내 기준으로 연구소 신규설립 등록절차를 거치고 전담부서는 취소해야 합니다. 신규설립 등록 때 마지막 파일첨부의 기타란에 취소공문을 첨부하면 취소와 신규설립을 동시에 진행할 수 있다고 안내합니다.
인정받은 연구소에 주어지는 조세 감면은 이 법이 아니라 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」 등 조세 관계 법률에서 정하는 바에 따릅니다(법 제15조). 혜택은 별도 법령의 문제라 이 글에서는 다루지 않습니다.
기업부설연구소 인력 요건은 기업 유형별로 1명 이상부터 10명 이상까지
시행령 제6조 제1항 제1호는 연구전담요원을 「상시 확보할 것」을 요구하고, 그 수를 연구기관을 설립한 기업의 유형별로 나눕니다. 원문의 단서까지 그대로 옮기면 다음과 같습니다.
「그 밖의 기업부설 연구기관」을 협회 개요 화면의 표는 「대기업」 칸(연구전담요원 10명 이상)으로 적고 있습니다. 같은 기업이 2개 이상의 기업부설연구소등을 신청하려면 전문연구 분야(한국표준산업분류에 따른 업종) 또는 주소지가 서로 달라야 합니다(시행령 제6조 제3항).
인력 외에 시행령 제9조는 연구전담요원과 연구보조원이 연구에 전념할 수 있도록 연구 활동 외의 업무에 종사하는 상시 근무 종업원을 두라고 정합니다. 법 제9조 제1호는 연구를 전담하는 사람이 생산·판매·영업 등 다른 업무를 겸하지 않도록 하고, 창업일부터 3년이 경과하지 아니한 소기업의 연구소 근무자가 그 소기업의 대표자를 겸하는 경우는 제외합니다.
기업부설연구소 연구전담요원 자격, 자연계 학사·기사 이상은 규모 무관(제3~8호는 중소기업만)
시행규칙 제2조 제4항은 연구전담요원의 자격기준을 정하고, 단서로 제3호부터 제8호까지는 「중소기업에만 적용한다」고 적습니다.
- 모든 기업: 자연계분야(자연과학계열·공학계열·의학계열) 학사 이상 학위, 또는 「국가기술자격법」에 따른 기술·기능 분야 기사 이상 기술자격
- 중소기업만: 자연계분야 전문학사로서 연구개발 경력 2년 이상(3년제 전문대학 졸업은 1년 이상) 등 제3호부터 제8호까지
산업디자인 분야, 그리고 유흥 등 관련 분야를 제외한 서비스 분야 업종을 주 업종으로 하는 기업의 연구기관은 제6항에 따라 학사 이상 학위를 가진 사람 등으로 자격기준을 달리 적용할 수 있습니다.
같은 조 제8항은 자격을 갖추었어도 연구전담요원으로 할 수 없는 사람을 따로 정합니다. 건강보험 가입자 명부, 국민연금 사업장가입자 명부, 근로소득 원천징수부 등으로 해당 기업의 직원임을 증명할 수 없는 사람, 기업부설연구기관등에서 계속하여 6개월 이상 연구개발활동을 수행할 수 없는 사람이 여기에 들어갑니다.
대표자, 감사, 비상임이사처럼 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람도 제외되며, 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표자로서 연구개발과 관련된 업무를 하는 사람은 예외입니다.
기업부설연구소 공간은 고정된 벽체와 별도 출입문, 칸막이는 정해진 예외만
시행규칙 제2조 제2항은 연구공간을 「고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간」으로 확보하라고 정합니다. 연구 기자재는 연구전담요원등이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구 및 재료로서 그 연구공간에 있어야 합니다.
칸막이 예외는 조건이 붙어 있습니다. 시행규칙은 중소기업자가 설립한 연구기관등, 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업이 설립한 연구기관등, 정보서비스 또는 소프트웨어개발 공급업을 영위하는 기업의 연구개발부서가 50제곱미터를 초과하는 면적을 확보할 수 없는 경우에 칸막이 등으로 구분한 연구공간을 독립적인 공간으로 봅니다.
협회 개요 화면은 같은 내용을 「면적 50㎡ 이하인 경우」로 적고, 현판을 칸막이에 부착하라고 안내합니다.
환기, 공기정화, 난방, 냉방, 소방 등의 사유로 바닥부터 천장까지 벽체로 구분할 수 없는 경우에는 바닥에서 높이 2미터 이상의 고정된 벽체와 별도의 출입문으로 구분하는 등 시행규칙의 기준을 모두 충족하면 됩니다.
장소 제한도 법률에 있습니다. 「건축법」상 단독주택, 공동주택, 허가받지 아니한 건물 또는 가건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 않아야 합니다(법 제9조 제2호).
협회 자주 묻는 질문은 본사와 연구소 주소가 달라도 상관없고, 본사 안에 독립공간 요건을 갖추기 어려우면 다른 건물에 임차하여 설치할 수 있다고 답합니다.
기업부설연구소 설립 신청은 한국산업기술진흥협회 rnd.or.kr 온라인으로만, 협회 안내는 「법령상 무료」
인정 신청의 접수 처리, 인정, 인정서 발급, 변경신고 접수는 과학기술정보통신부장관이 한국산업기술진흥협회에 위탁한 업무입니다(시행령 제16조). 협회 개요 화면은 「온라인 시스템을 통해서만 신고할 수 있습니다」라고 안내합니다.
- 인정요건(인력·공간·기자재)을 먼저 갖춘다
- rnd.or.kr에 로그인한다(협회 안내는 「귀사의 법인공인인증서를 통하여 로그인」, 협회 회원가입은 의무사항이 아니라고 안내)
- 인정 신청서와 첨부서류를 온라인으로 제출한다
- 서류 미비가 있으면 보완요청 공문에 따라 같은 경로로 보완한다
시행규칙 제3조가 정한 기업부설연구소 첨부서류에는 연구개발활동 개요서, 연구 기자재 현황, 연구개발인력 현황, 기업 및 연구기관 조직도, 연구기관이 위치한 층의 전체 도면과 내부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함) 등이 있습니다. 사업자등록증명은 협회가 행정정보 공동이용으로 확인하고, 신청인이 확인에 동의하지 않으면 제출하도록 합니다.
비용에 대해 협회 자주 묻는 질문(신고 및 처리)은 「법령상 무료로 업무를 진행하고 있습니다」라고 답하고, 일부 업무대행사는 비용이 있다고 덧붙입니다.
기업부설연구소 처리 기간은 접수일부터 10일 이내, 보완기간은 제외
협회 자주 묻는 질문은 설립·변경신고 완료까지 걸리는 시간을 「신고서가 접수된 날로부터 10일 이내에 처리됩니다」라고 안내합니다. 단, 신청서와 관련서류 미비로 기업 측이 보완하는 기간은 처리기간에 산입하지 않습니다(행정절차법 시행령 제11조 참조).
10일은 협회 자주 묻는 질문의 안내입니다. 이번에 확인한 법·시행령·시행규칙 본문에서는 처리 기간을 정한 조문을 찾지 못했습니다.
법 제7조 제5항의 「1개월 이상」은 기업부설연구소등이 인정기준을 충족하지 못하게 된 경우에 내리는 보완명령의 기간이고, 시행규칙 제6조는 보완 기간을 1개월 원칙으로 하되 기업 신청에 따라 2개월의 범위에서 연장할 수 있다고 정합니다.
기업부설연구소 인정서는 협회가 발급, 분실하면 마이페이지에서 출력
법 제7조 제3항은 인정한 기업부설연구소등에 인정서를 발급하도록 정합니다. 시행규칙에 따라 협회는 기업부설연구소에는 별지 제5호서식의 「기업부설연구소 인정서」를, 연구개발전담부서에는 별지 제7호서식의 「연구개발전담부서 인정서」를 발급합니다.
협회 인정서 재발급 화면은 분실 또는 훼손으로 인정서를 잃어버린 경우 로그인 마이페이지의 보유연구소 조회에서 인정서를 출력할 수 있다고 안내합니다. 2012년 7월 1일부터 우편발송을 통한 인정서 재교부는 이루어지지 않습니다.
기업명, 법정기업유형, 연구소명, 연구소 소재지 등 인정서 기재 내용이 바뀌면 온라인 변경신고를 하라고 같은 화면에 적혀 있습니다.
- 재발급 사유(시행규칙 제7조 제1항): 주요 변경사항이 있을 때, 인정서를 분실했을 때, 그 밖에 재발급이 필요하다고 인정될 때
- 인정 절차 진행 중 확인(같은 조 제2항): 인정을 신청한 기업이 요청하면 협회가 인정 절차가 진행 중임을 확인해 줄 수 있음
인정서 유효기간에 대해 협회 자주 묻는 질문은 연구소이면서 기업유형이 벤처기업이면 벤처기업확인서상 벤처만료일이 연구소 만료일이라고 답합니다. 같은 답변은 「벤처기업을 제외하고 일반적인 경우는 유효기간이 없으므로 설립시의 인정요건을 계속 유지하여야만 합니다」라고 이어집니다.
기업부설연구소 변경신고는 사유가 생긴 날부터 30일 이내
시행령 제7조 제2항은 변경신고 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 변경신고서를 제출하도록 정합니다. 변경신고 대상은 시행규칙 제5조 제1항에 나와 있습니다.
변경신고를 신고사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니하면 법 제8조 제1항 제5호에 따라 인정을 취소할 수 있습니다. 협회 자주 묻는 질문(변경 및 보고)은 변경신고가 늦으면 변경일자 인정일이 소급 적용되지 않는다고 안내합니다.
연구원이 육아휴직, 장기해외출장 등으로 연구소 내에서 6개월 이상 연구개발활동을 수행할 수 없으면 변경신고로 연구원에서 제외하라는 안내도 있습니다.
변경신고 경로는 협회 안내 기준으로 기업 공인인증서 로그인 → 마이페이지 → 변경신고 → 변경신고하기 → 자가진단 체크리스트 완료 → 변경할 내역만 체크 후 수정 → 최종검토 후 제출입니다.
인정 뒤에는 매년 4월 30일까지 연구개발 실적 제출
법 제9조 제3호는 매년 기업부설연구소등의 연구개발 실적을 제출하도록 정하고, 시행규칙 제8조는 그 기한을 매년 4월 30일까지로, 제출처를 한국산업기술진흥협회로 정합니다. 이 법에 따라 인정받지 아니하였거나 인정이 취소된 경우에는 이 법에 따라 인정받은 기업부설연구소등임을 사칭해서는 안 되며(법 제7조 제6항), 사칭한 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과합니다(법 제27조 제3항).
문의처
- 한국산업기술진흥협회 연구소·전담부서 신고관리시스템: rnd.or.kr
- 법령 소관: 과학기술정보통신부 연구산업진흥과
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